物流信息系统从本质上讲是把各种物流活动与某个一体化过程连接在一起的通道。

一体化过程应建立在4个功能层次上：交易、管理控制、决策分析，以及制定战略计划系统。

交易系统是用于启动和记录个别的物流活动的最基本的层次。交易活动包括记录订货内容、安排存货任务、作业程序选择、装船、定价、开发票，以及消费者查询等。交易系统的特征是：格式规则化、通信交互化、交易批量化，以及作业逐日化。结构上的各种过程和大批量的交易相结合主要强调了信息系统的效率。

第二层次是管理控制，要求把主要精力集中在功能衡量和报告上。功能衡量对于提供有关服务水平和资源利用等的管理反馈来说是必要的。因此，管理控制以可估价的问题为特征，它涉及评价过去的功能和鉴别各种可选方案。当物流信息系统有必要报告过去的物流系统功能时，物流信息系统是否能够在其被处理的过程中鉴别出异常情况也是很重要的。

第三层次是决策分析，主要把精力集中在决策应用上，协助管理人员鉴别、评估、和比较物流战略和策略上的可选方案。决策分析也以策略上的和可估价的问题为特征。与管理控制不同的是，决策分析的主要精力集中在评估未来策略上的可选方案，并且它需要相对松散的结构和灵活性，以便作范围很广的选择。因此，用户需要有更多的专业知识和培训去利用它的能力。既然决策分析的应用要比交易应用少，那么物流信息系统的决策分析趋向于更多地强调有效(effectiveness)，而不是强调效率(efficiency)。

最后一个层次是制定战略计划，主要精力集中在信息支持上，以期开发和提炼物流战略。这类决策往往是决策分析层次的延伸，但是通常，更加抽象、松散，并且注重于长期。